Lý Kỳ là con trai thứ tư của Lý Hùng, vị hoàng đế khai quốc của Thành, với một người thiếp của ông, song Lý Kỳ được Nhâm Hoàng hậu nuôi dưỡng. Khi Lý Kỳ còn trẻ, ông là người thông minh và có uy tín. Khi Lý Hùng hỏi các con trai của mình đi tìm người tải giỏi trong nhân dân để ban cho chức quan, Lý Kỳ là người thành công nhất, vì thế nhiều quan lại Thành Hán là những người do Lý Kỳ phát hiện ra.

Lý Hùng phong cho Lý Ban, con trai của Lý Đãng (李蕩), làm thái tử, song sau khi Lý Hùng chết vào năm 334 và Lý Ban lên kế vị, Lý Kỳ cùng với Lý Việt (李越) đã bất mãn, họ bí mật mưu đồ chống lại Lý Ban. Em trai của Lý Ban là Lý Ngọ (李玝) đã nghe thấy tin đồn về âm mưu này nên đã đề nghị Lý Ban gửi Lý Việt và Lý Kỳ khỏi kinh thành, song Lý Ban không muốn làm như vậy trước khi chôn cất Lý Hùng. Thay vào đó, ông cử Lý Ngọ đến để giảm bớt mâu thuẫn. Đến mùa đông, trong một đêm khi Lý Ban đang mặc đồ tang đứng trước quan tài của Lý Hùng, Lý Việt đã ám sát Lý Ban và anh trai ông là Lý Độ (李都), Lý Kỳ được lập làm hoàng đế sau khi giả mạo một chiếu chỉ của Nhâm thái hậu buộc tội Lý Ban.